- العمل الاكاديمي: تهتم امانة الشؤون العلمية بالاداء الاكاديمي العام لكلية شرق النيل بجانب تقييمه وتقويمه
- العمل الاداري: تدير الشؤون العلمية مع العمداء الجوانب الادارية الخاصة بهيئة التدريس وسير العملية الاكاديمية
- الامتحانات ومشاريع وبحوث التخرج: تشرف الشؤون العلمية على الامتحانات ومخرجات اداء الطلاب في المشاريع والبحوث العلمية
- استخراج الشهادات: الشؤون العلمية الجهة المناط بها استخراج الشهادات الاكاديمية للطلاب
- اجازة النتائج الفصلية والنهاية: امين الشؤون العلمية عضوا اساسيا في اللجان العلمية بالكلية
- يدير امانة الشؤون العلمية البروفسير محمد المرتضي حسن امين فهمي
